Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc là cơ quan trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ được thành lập theo Quyết định số 10/2000/QĐ-TTg ngày 18/01/200 của Thủ tướng Chính phủ. Ban quản lý thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các hoạt động đầu tư, xây dựng, dịch vụ, kinh doanh và các hoạt động khác trong Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc theo quy định của pháp luật:

• Cấp, điều chỉnh, thu hồi các giấy phép, giấy chứng nhận theo ủy quyền hoặc phân cấp của các cơ quan nhà nước cấp thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
• Vận động đầu tư, quản lý đầu tư và xây dựng:Tổ chức cỏc hoạt động xỳc tiến đầu tư, thương mại, quảng bỏ, giới thiệu ở trong nước và nước ngoài để thu hỳt cỏc nguồn vốn đầu tư vào Khu công nghệ cao.
• Quản lý, sử dụng đất đai.
• Tổ chức và quản lý hoạt động ươm tạo doanh nghiệp cụng nghệ cao trong Khu cụng nghệ cao Hoà Lạc.
• Hợp tác, liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài trong các lĩnh vực liên quan đến đầu tư, xây dựng và quản lý, khai thác tại Khu Công nghệ cao.
• Tổ chức, hỗ trợ việc đào tạo nguồn nhân lực trong Khu công nghệ cao. Xây dựng các chuẩn kỹ năng công nghệ, tổ chức sát hạch và cấp chứng chỉ theo các chuẩn kỹ năng.
• Ban hành các văn bản hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ, các văn bản cá biệt, văn bản quy phạm nội bộ để áp dụng trong nội bộ theo quy định của pháp luật.
• Quản lý và bảo vệ tài nguyên, môi trường.
• Thực hiện các chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn khác được giao theo quy định hiện hành.

Văn phòng Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc là đơn vị trực thuộc Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc có chức năng tham mưu, giúp việc cho Trưởng Ban điều hòa, phối hợp các hoạt động của Ban nhằm đảm bảo sự chỉ đạo, điều hành của Trưởng Ban được kịp thời, đáp ứng các yêu cầu thực hiện nhiệm vụ chính trị của Ban; thực hiện công tác tổ chức cán bộ, quản lý tài chính.

Phòng kế hoạch-Tài chính là đơn vị chuyên môn trực thuộc Ban Quản lý Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc, thực hiện chức năng tham mưu giúp việc cho trưởng Ban về tài chính, kế toán, giám sát đánh giá đầu tư và nghiên cứu khoa học của Ban Quản lý Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc.

Phòng kế hoạch-Tài chính có nhiệm vụ và quyền hạn như sau:

• Là đầu mối xây dựng chương trình tổng thể phát triển và kế hoạch triển khai Khu Công nghệ cao Hoà Lạc trong từng giai đoạn.
• Chủ trì lập kế hoạch và dự án ngân sách hàng năm của Ban Quản lý Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc.
• Hướng dẫn các đơn vị trực thuộc Ban lập kế hoạch và dự toán ngân sách hàng năm; tổng hợp và tham mưu đề xuất Lãnh đạo Ban phân bổ dự toán ngân sách hàng năm.
• Quản lý tài chính và thực hiện thanh quyết toán đối với các dự án do Ban quản lý Khu trực tiếp thực hiện; quản lý tài chính theo chức năng chủ quản đầu tư đối với các dự án Ban quản lý được uỷ quyền quyết định đầu tư.
• Thực hiện thẩm tra quyết toán chi hành chính sự nghiệp của các đơn vị trong Ban; thẩm tra quyết toán các dự án đầu tư xây dựng đã được Bộ Khoa học và Công nghệ uỷ quyền cho Ban.
• Giám sát việc triển khai thực hiện chương trình tổng thể, kế hoạch phát triển dài hạn, ngắn hạn và hàng năm của Khu Công nghệ cao Hoà Lạc đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
• Thực hiện chức năng giám sát đánh giá đầu tư đối với các dự án đầu tư tại Khu Công nghệ cao Hoà Lạc do Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc làm chủ đầu tư.
• Tổng hợp báo cáo tài chính hàng năm, các báo cáo định kỳ, đột xuất về tình hình đầu tư xây dựng Khu Công nghệ cao Hoà Lạc.
• Tổ chức nghiên cứu về các vấn đề liên quan đến quá trình xây dựng và phát triển Khu Công nghệ cao Hoà Lạc.
• Thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật về tài chính kế toán và theo yêu cầu của Lãnh đạo Ban.
• Quản lý tài sản và công chức thuộc Phòng theo quy định.
• Hướng dẫn, quản lý nghiệp vụ chuyên môn về tài chính kế toán cho các đơn vị trực thuộc.
• Thực hiện quản lý tài sản công của Ban quản lý.

Phòng Quy hoạch, Xây dựng và Môi trường trực thuộc Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc có chức năng tham mưu giúp việc cho Trưởng Ban thực hiện chức năng quản lý nhà nước về quy hoạch kiến trúc, đầu tư xây dựng, đất đai và bảo vệ môi trường trong Khu công nghệ cao Hoà Lạc.

Phòng Hỗ trợ đầu tư là đơn vị chuyên môn trực thuộc Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc; tham mưu giúp việc cho Trưởng Ban thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong các lĩnh vực:

• Hợp tác quốc tế và Xúc tiến đầu tư vào Khu CNC Hoà Lạc, quản lý đầu tư, thẩm định pháp chế.
• Soạn thảo hoặc tham gia góp ý để ban hành các văn bản pháp quy liên quan đến quá trình xây dung và phát triển Khu CNC và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan khác,…

Ban quản lý các dự án đầu tư bằng ngân sách nhà nước là đơn vị trực thuộc Ban Quản Lý Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, có chức năng là đại diện của Chủ đầu tư (Ban Quản Lý Khu Công nghệ cao Hào Lạc) thực hiện quản lý các dự án đầu tư xây dựng công trình trong Khu Công nghệ cao Hoà Lạc từ nguồn vốn Ngân sách Nhà nước theo Luật Xây dựng và các Nghị định của Chính phủ về quản lý đầu tư và xây dựng cơ bản.

Ban quản lý các dự án có các nhiệm vụ sau:

• Thực hiện các thủ tục về giao nhận đất, xin cấp giấy phép xây dựng, chuẩn bị mặt bằng xây dựng và các công việc khác phục vụ cho việc xây dựng công trình.
• Tổ chức công tác chuẩn bị đầu tư xây dựng công trình, chuẩn bị hồ sơ thiết kế, dự án, tổng dự án xây dựng công trình để Chủ đầu tư tổ chức thẩm định và phê duyệt theo quy định.
• Khi thiết kế bản vẽ thi công và dự án thi công đó được Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc (Chủ đầu tư) phê duyệt thì Ban Quản lý các dự án đầu tư Bằng vốn Ngân sách Nhà nước phải chịu trách nhiệm:
  • Thành lập tổ tư vấn để lập hồ sơ mời thầu và tổ chức đấu thầu theo đúng Luật Đấu thầu và Luật xây dựng. Kết quả đấu thầu chỉ có giá trị khi Ban Quản lý Khu Công nghệ cao Hoà Lạc phê duyệt.
  • Đàm phán, ký kết hợp đồng với các nhà thầu theo uỷ quyền của Chủ đầu tư.
  • Tổ chức chọn nhà tư vấn giám sát, tư vấn thử nghiệm và trình Ban Quản lý Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc (Chủ đầu tư) phê duyệt.
  • Quản lý chất lượng, khối lượng, tiến độ, chi phí xây dựng, an toàn và vệ sinh môi trường của công trình xây dung.
  • Nghiệm thu, thanh toán, quyết toán công trình theo hợp đồng đã ký.
  • Tổ chức bàn giao công trình.
• Lập báo cáo thực hiện vốn đầu tư hàng năm, báo cáo quyết toán khi dự án hoàn thành đưa vào khai thác sử dụng.
• Thực hiện các nhiệm vụ khác do Trưởng Ban Quản lý Khu Cụng nghệ cao Hoà Lạc giao.

Trung tâm ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao là tổ chức khoa học và công nghệ trực thuộc Ban Quản lý khu công nghệ cao Hoà Lạc, được thành lập theo quyết định số 2926/QĐ- BKHCN ngày 29 tháng 12 năm 2006 của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ và hoạt động theo hướng dẫn tại Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 05 tháng 9 năm 2005 của Chính phủ và các văn bản pháp quy có liên quan.

Trung tâm Dịch vụ Tổng hợp Khu công nghệ cao Hoà Lạ là đơn vị trực thuộc Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc được thành lập theo quyết định số 391/QĐ-BKHCN ngày 22 tháng 3 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ.
Trung tâm hoạt động trong lĩnh vực dịch vụ phục vụ các hoạt động của Khu công nghệ cao Hoà Lạc; quản lý và khai thác, sử dụng các cơ sở vật chất kỹ thuật được Ban giao quản lý tại Khu công nghệ cao Hoà Lạc.

Trung tâm đào tạo là đơn vị sự nghiệp khoa học công lập trực thuộc Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc, đựơc thành lập theo Quyết định số 391/QĐ-BKHCN ngày 27/3/2007 của Bộ Khoa học và Công nghệ và Quyết định số 45/QĐ-CNCHL ngày 27/3/2007 của Trưởng ban Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc, là tổ chức đăng ký và hoạt động theo hướng dẫn tại Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 05/9/2005 của Chính phủ và các văn bản pháp luật hiện hành.